体育俱乐部构建有权责清晰、协同联动的组织运行体系，下设吉林动画学院体育工作委员会办公室、党政机构、教学与科研部、学术咨询机构、竞赛训练（群体）、群众体育（群体）组，同时对接各类指导与协作单位。

党政机构包含体育俱乐部直属党支部、综合办公室，负责党建引领与俱乐部日常行政管理工作；教学与科研部下设军体教研室，承担体育课程教学、教研建设相关工作；学术咨询机构由教学指导委员会、大学体育研究院、体质健康研究中心组成，为体育教学改革、体质健康研究提供专业智库支撑。

竞赛训练（群体）组统筹校运动代表队建设，落实队伍集训及各类参赛管理；群众体育（群体）组负责体育社团管理，组织开展丰富多彩的校园群体体育活动。

俱乐部接受吉林省教育厅体卫处、吉林省学生体育协会、吉林动画学院体育工作委员会的业务指导与协作，形成党建、教学、科研、竞赛、群体活动多方协同的工作格局，全面推进学校体育工作高质量发展。